Ο ναός του Απόλλωνα στην Ιωνία. Το τρίτο μεγαλύτερο κτίριο που ανεγέρθηκε ποτέ στον ελληνικό κόσμο

Τα Δίδυμα ήταν σημαντικό αρχαίο ιερό και μαντείο αφιερωμένο στον Απόλλωνα. Το ιερό βρισκόταν λίγο νοτιότερα της Μιλήτου και σήμερα κοντά του βρίσκονται το τουρκικό χωριό Yenihisar και η μικρή τουρκική πόλη Didim. Τα Δίδυμα ήταν το σημαντικότερο αρχαίο μαντείο στον χώρο της Ιωνίας μαζί με το ιερό του Απόλλωνα στην Κλάρο και ένα από τα σημαντικότερα στον αρχαίο κόσμο. Αναφέρεται πρώτη φορά στον Ομηρικό ύμνο του Απόλλωνα, γεγονός που αποδεικνύει πως το μαντείο υπήρχε πριν τον 7ο αιώνα π.Χ. Οι αρχαίοι συγγραφείς απέδιδαν την ονομασία Δίδυμα στην ύπαρξη ναών αφιερωμένων στα δίδυμα αδέρφια Απόλλων και Άρτεμη, πιθανόν όμως η ονομασία να είχε και Καρική προέλευση αφού υπάρχουν παρόμοια τοπωνύμια στην Καρία αλλά και στην Λυδία. Τα Δίδυμα άνηκαν στην επικράτεια της Μιλήτου και συνδέονταν με αυτή με την ιερά οδό μήκους δεκαεπτά χιλιομέτρων. Κατά μήκος της οδού υπήρχαν αγάλματα της δυναστείας των Βραγχιδών ιερέων και αγάλματα που απεικόνιζαν ζώα. Μέρος των αγαλμάτων αυτών βρίσκεται στο βρετανικό μουσείο.

Μαζί ο Ηρόδοτος και ο Παυσανίας τοποθετούν την ίδρυση του ιερού, πριν τον Ιωνικό αποικισμό. Μέχρι την καταστροφή του ιερού από τους Πέρσες κατά την διάρκεια της Ιωνικής επανάστασης το 494 π.Χ., το ιερό των Διδύμων διοικούταν από την οικογένεια των Βραγχιδών, η οποία υποστήριζε πως καταγόταν από τον μυθικό ήρωα Βράγχο. Μετά την καταστροφή η Πέρσες εκδίωξαν τους Βραγχίδες και έκαψαν τον ναό μεταφέροντας στα Εκβάτανα το χάλκινο άγαλμα του Απόλλωνα, έργο του Κάναχου του Σικυώνιου. Μετά τους Περσικούς πολέμους τα Δίδυμα δεν ανοικοδομήθηκαν άμεσα όπως οι Δελφοί και ο ναός της Άρτεμης της Εφέσου, αλλά μόλις το 334 π.Χ όταν ο Μέγας Αλέξανδρος απελευθέρωσε τις Ιωνικές πόλεις. Τότε άρχισε να ανοικοδομείται ξανά το ιερό και η διοίκηση του πέρασε στην πόλη της Μιλήτου, η οποία εξέλεγε πλέον τους ιερείς κάθε χρόνο. Γύρω στο 300 π.Χ. όπως αναφέρει ο Παυσανίας ο Σέλευκος επανέφερε το μπρούτζινο άγαλμα του Απόλλωνα πίσω στο ιερό και οι Μιλήσιοι ξαναέκτισαν τον ναό, ο οποίος όταν ολοκληρώθηκε έγινε ένας από τους μεγαλύτερους του ελληνιστικού κόσμου. Ο νέος ναός ήταν δίπτερος εντυπωσιακά μεγάλων διαστάσεων, σημαντικά τμήματα του οποίου σώζονται μέχρι σήμερα. Από τον 2ο αιώνα π.Χ στα Δίδυμα διοργανωνόταν ετήσιο φεστιβάλ κάτω από την κηδεμονία των Μιλήσιων, τα Διδύμεια. Ήταν μία πανελλήνια γιορτή που ξεκίνησε τον 2ο αιώνα π.Χ. Το μαντείο συνέχισε να λειτουργεί μέχρι τα τέλη του 4ου αιώνα μ.Χ. οπότε και τερματίστηκε η λειτουργία του από τον αυτοκράτορα Θεοδόσιο.